Sejarah Perkembangan Rumah Sakit Daerah Kalisat berawal dari terdapatnya Puskesmas Kalisat 1 yang merupakan Puskesmas Perawatan dengan kapasitas 86 Tempat Tidur, berdasarkan SK Bupati Jember No. 188.45/388/012/2001 tanggal 30 Desember 2001 tentang Uji Coba Puskesmas Kalisat 1 menjadi Rumah Sakit Daerah Kalisat dan pada awal pembentukannya merupakan Unit Pelayanan Teknis Dinas Kesehatan Kabupaten Jember. Telah dilaksanakan uji coba sebagai rumah sakit selama 2 tahun mulai Januari 2001 sampai Desember 2002. Rumah Sakit Daerah Kalisat ditetapkan menjadi Lembaga Teknis Daerah sebagai kantor berdasarkan SOTK Perda nomor 26 Tahun 2002 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit DaerahKalisat.
Dengan berbagaiupaya, pada bulan Oktober 2004 Rumah Sakit Daerah Kalisat telah teregistrasi berdasarkan KepMenKes RI No : 1178/Menkes/SK/X/2004 dan surat Dirjen Yanmed Nomor : IR : 01.01.1.1.3343 dan ditetapkan sebagai Rumah Sakit tipe D. Keputusan tersebut merupakan hal yang mendasar sejalan dengan pembenahan organisasi, pemenuhan SDM, sarana dan prasarana fisik, peralatan medik dan penunjang medik
Agar pembangunan dan renovasi dapat terencana sesuai dengan peruntukkannya telah disusun Master Plan pada November 2003 dan di perbarui pada tahun 2006. Luas tanah Rumah Sakit Daerah Kalisat pada awalnya adalah 8620 m2, luas gedung 4535 m2, dan hampir keseluruhan merupakan bekas bangunan Puskesmas Kalisat I. Pada akhir Desember 2007 luas tanah mencapai 10.545 m2 dan luas bangunan 7.322,3 m2.
Rumah Sakit Daerah Kalisat merupakan rumah sakit rujukan bagi Puskesmas di wilayah Kabupaten Jember bagian timur utara. Beberapa sasaran ke depan yang ingin dicapai adalah menjadi PPK BLUD sehingga rumah sakit dapat mengelola keuangan secara mandiri dan dapat meningkatkan kualitas pelayanan yang profesional, serta peningkatan kelas rumah sakit dari kelas D menjadi rumah sakit kelas C sesuai dengan PERMENKES No. 340 Tahun 2010 sehingga pada tanggal 7 Februari 2014, Rumah Sakit Daerah Kalisat sudah resmi menjadi rumah sakit kelas C, dengan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.02.03/I/0131/2014.